Mengawali karir jurnalistiknya di Tabloid Detik pada Maret 1993. Kali pertama
mengenal dunia jurnalistik, dia sudah merasakan hantaman penguasa terhadap kebebasan informasi. Pemerintah Orde Baru pada Juni 1994 memberangus Tabloid Detik dan serta Majalah EDITOR dan Tempo. Hantaman badai kekuasaan itu malah memperkuat tekad Ibnu Atho untuk terus menggeluti dunia jurnalistik.
Tahun 1994 – 1996, Ibnu Atho bergabung dengan Surat Kabar Jawa Pos. Selepas itu ia hijrah ke Tabloid Adil. Setahun kemudian Ibnu Atho ditawari bergabung dengan Majalah Dwi Mingguan Tajuk. Di Majalah inilah pria kelahiran Blitar, 15 Agustus 1973 itu menemukan jati diri sebenarnya sebagai wartawan investigasi.
Ibnu Atho banyak membongkar kasus-kasus besar di negeri ini. Mulai dari kasus judi, penyelundupan, hingga korupsi yang melibatkan konglomerat Hendra Rahardja. Tahun 2006 dia dipercaya menjadi Wakil Pemimpin Redaksi Tabloid Investigasi. Tahun 2013, berbekal network yang luas baik di kalangan jurnalis, pejabat tinggi pemerintahan, penegak hukum, dan swasta, Ibnu Atho
mendirikan sebuah perusahaan PT Mata Rantai Berita.